EVA整部动画都是建立在复杂的宗教思想之上的。简单的，从片名就可以看出Evangelion在英语里是福音书的意思，这就不能不让人想到旧约圣经了吧。而且，故事中充满了所谓上帝、亚当、夏娃、以及死海文书(The Dead Sea Scrolls：注1)等的说法。整个故事就是建立在犹太教的基础之上的，由于犹太教和基督教之间的密切联系所以才有如此多的我们所熟悉的圣经中的事物；然而，本片既不是犹太教的思想宣传，也不是基督教的宗教影片，作者不过是借用了其中的故事概念来表达自己的思想而已——这些在下面的分析中将逐渐显示出来。
既然谈到宗教，就让我们从EVA中的一个神秘的组织NERV开始我们的研究吧
NERV—GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL’S RIGHT WITH THE WORLD
看过EVA的人一定会对NERV的那个血红色的标志有深深的印象，同时也就会了解小标题中的那句GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD——是英国的诗人Robert Browning的诗句，我们可以暂时翻译成“神不为者，人为之”，我们就可以从这句话中了解到NERV所代表的意义。正如碇元渡所言科学的力量是无穷的，请看在第十二话中碇元渡与东月在南极时的对话（此时两人在航空母舰上）
东月：不允许任何生命的存在，死亡的世界——南极，不也许应该成为地狱吧。
碇元渡：但是我们人类却站在这里，以生物的样子活的好好的。
东月：因为被科学的力量保护着么。
碇元渡：科学的力量就是人的力量。
东月：就是这样的傲慢心态才会引起十五年前的悲剧——第二次冲击（注2），其结果就是这样的惨状。这样的惩罚实在也太大了。简直就是死亡之海呀。
碇元渡：但现在污染已消世界已经得到净化。
东月：即使是满身罪恶我也还是期待人类生存的世界存在。
且不说这段重要对话中对故事情节的揭示，就起揭示的思想观点已经可以解释NERV的那个血红色的标志的意义了NERV的标志是以半片树叶下面的NERV字样为主体，下面环绕GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD的字样。其实，那片树叶实际上是一片无花果的叶子，也就是圣经中那象征着亚当夏娃被逐出伊甸园的原罪——由于偷食了智慧果实的原罪；智慧禁果的表现转换到EVA中也就是以NERV为代表的科学万能念，而GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD也就正体现了NERV的这种科学万能的思想（注3）。然而庵野秀明（注4）却认为科学的力量是人类原罪的根源，所以NERV的标志上才会有无花果的叶子，一方面代表了人类所背负的原罪；另一方面，作为NERV有这样的意义的标志也就体现了NERV的无所畏惧，无所敬畏，唯我至上的意志体现。碇元渡作为NERV的总司令也就集中了这种思想意志或者说是碇元渡带给了NERV这种思想。而东月就作为怀疑论者拥有着人类应该有所信仰有所敬畏。东月认为正是因为人类自满于自己的科学力量，试图以科学的力量进行自己的成神计划才导致了第二次冲击——上帝对人类的惩罚。
EVA结局就是: 第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。
杀死了渚薰以后，碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击……
精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗……
为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是……
在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele 对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。
出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。之后，律子被源堂射杀……
根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。
长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚……
“人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与绝对领域，融合成了一个整体
